■旧作の総集編。第１話〜２１話までに相当するストーリーのダイジェストで、約３割が新作カット（音声は新録音）。

■旧作22話に相当する新作エピソード。タウト星へ向かうジェイナスは地球軍のローデン艦長の補給部隊と合流し、生活物資の補給を受ける。新型ＲＶトゥランファムを一目見ようと補給艦を訪れたロディとケンツだったが、突然アストロゲーターの攻撃が始まりジェイナスは補給地点を離脱、取り残された彼らはトゥランファムに乗り込み補給艦から脱出を図る。だが、彼らの前に敵の新型ＡＲＶブラグが立ちはだかった…。

■タウト星までの空域には味方が多数いると教えられた子供達は、レーダーで地球軍を探しながら航海を続ける。そのジェイナスに、難民保護組織ラピスのメンバーと名乗る謎の女性からの通信が入る。敵味方問わず保護すると呼びかける通信の主だったが、スコット達は危険だとして無視することを決める。しかしペンチは指定されたコードに密かにアクセス。だがアクセスを終えた直後、敵ARVが襲来した…。

■駆逐艦カーターからの救難信号をキャッチしたジェイナス。ロディとバーツは偵察に出掛けるがカーターは大破しており人影はなかった。ロディ達は敵ステーションの内部でARVルザルガと遭遇し苦戦の末これを退けるが、その最中救命カプセルに入れられた双子の赤ちゃんを発見。ジェイナスに新しいメンバーが加わった。

■ジェイナスに収容された双子の赤ちゃんはククトニアンだった。扱い方が分からずオロオロするメンバーをよそに、一人手慣れた手つきを見せるシャロン。遠距離から繰り返される敵ビームの砲撃をよそに、艦内を舞台とした１３人の子育て戦争が続く。そしてククト軍のルルドの艦隊が、いよいよジェイナス追撃のために艦の速度を上げる…。

■赤ちゃんのミルクが足りなくなったため、バーツ達は赤ちゃんを発見したステーションに戻る。ミルクは発見できなかったものの、生存していたククト山羊を連れ帰ったことでミルクの問題は解決。そんなジェイナスに正体不明の小型艇が接近してくる。それは難民保護組織ラピスのメンバー、ホルテとルービンだった。彼女たちを受け入れようとするスコット、反対する子供達…。小型艇は接舷することなく、そのままジェイナスから離れていった。

■ラピスの小型艇がジェイナスに再接近。船内では彼女たちの乗船を巡って子供達の意見が真っ二つに割れるが、結局地球軍の情報を探るために乗船を許可することに。しかし収容された小型艇にはククト軍の発信機が仕掛けられており、ジェイナスへのビーム砲撃が始まった。ホルテは誤解を解くために自ら人質となり、ルービンに対し攻撃を止めさせるためにルルド艦隊に説得に向かうよう指示する…

■ホルテを残してジェイナスを脱出したルービンの説得でルルドはジェイナスへの砲撃を中止する。ルルドは避難民の写真を電送するよう要求し、ルービンは小型艇で再びジェイナスに戻る。一方ジェイナスの中では、人質として軟禁されていたホルテが部屋を脱出。子供達しかいないブリッジにやってきた彼女は、ジェイナスに軍人が乗船していない事実を知って愕然とする。事情を知ったホルテは子供達を守る決意を新たにするが、艦を降りる気持ちのない子供達は再度ホルテ達を軟禁するのだった。

■監禁しているホルテたちの態度から逃げる様子がないのを悟ったスコット達は彼女たちの監禁を解く。感激したホルテ達は食事会を開くが、その最中に再度ルルド部隊の攻撃が始まる。自分達のいる間はジェイナスへの攻撃がないと考えていたホルテは自信を喪失してしまう。しかし双子の写真をルルド艦に電送した途端、なぜか攻撃はピタリと止んだ…。

■ルルド艦から攻撃を受けて落ち込むホルテ。そんな中ジェイナスの機関部に不具合が発生。エアコンの故障によって艦内の温度が下がり、双子が風邪を引いてしまう。ルービンが船外へ出て機関部の修理をすることになるが、その時ククト軍の別部隊が接近。双子の容体を見かねたホルテは自ら素肌で双子を抱きしめて介抱に努める。激しい戦闘の中ルービンの活躍で機関部の修理は終わり、ジェイナスは間一髪戦線を離脱。エアコンは無事復旧し、双子も健康な状態に戻った。

■平和が訪れたジェイナス。子供達の間では赤ちゃんの今後についての議論が始まる。赤ちゃんをホルテ達に預けるべきだと主張するカチュア達、ひとり反対するシャロン。そんな中、ＡＲＶを駆り単独でジェイナスに迫るルルド。彼は３０分以内に避難民を引き渡さなければ総攻撃をかけるとの通告を突き付ける。戸惑うスコットやホルテ。そこへ突如キエフからの通信が入る。その内容はこうだった。ククト側から行方不明になった双子の捜索依頼が出ていること、そして父親はヴィラ・ルルドという名であること…。

■双子の父親でもあるルルドから30分の最後通牒を突きつけられたジェイナス。子供達がジェイナスから脱出する準備をする中、双子と共に部屋に篭城するシャロン。そうした中タイムリミットが経過し、ルルドの乗ったブラグはジェイナスに対し射撃を開始。しかし副官バリルが制止に入ったことでルルドは撤退、ひとまずジェイナスの危機は去る。一方シャロンのところへミルクを届けにきたカチュアは、自分の境遇と双子とをなぞらえて語る。涙乍らに訴えるカチュアに、シャロンは返す言葉を持たなかった。

■ルルドの退却後、応急修理をしながら今後の対策を練る子供達。逃げるために仕掛けた偽装工作も功を奏さず、再度ルルド艦の総攻撃が始まる。圧倒的な敵の攻撃に窮地に陥るジェイナス。そんな中、ルルドの乗るブラグに双子を連れて接近するシャロン。彼女の命懸けの説得でルルドは作戦を中止、双子は無事シャロンからルルドに渡された。ルルド艦はジェイナスから離れていき、ククト軍の脅威は去った。子供達を乗せてジェイナスは再び発進していくのだった。

■ルルド艦の脅威が去った子供達は、ラピスの母艦キエフ号と合流する。子供達がラピスの力を借りてタウト星の情報を仕入れようとしている時、ククト軍情報部が事情聴収のためにこちらに向かっているという情報が入る。子供達はククト軍到着前に自力でタウト星に向かうことを決め、ルービンをキエフに送り返すために一芝居打つ。全てを悟ったルービンはジェイナスを離脱し、再び13人だけになったジェイナスはキエフから離れて新たな目的地へ旅立っていくのだった。

■子供達だけで航海を続けるジェイナス。しかし船体の修理などの作業の連続によって子供達のイライラはピークに達していた。そんな中で些細なことからバーツとマキが口論を始めたのが発端となり、ついには男性陣と女性陣に分かれての戦争にまで発展してしまう。困り果てたスコットはゲームによって彼らを仲直りさせようとするが、失敗に終わる。そして彼らの冷戦は徐々に仕事にまで影響を及ぼし始める。意を決したスコットは彼らを一喝するために食堂に向かうが…。

■シャロンのいたずらで体重が増えたと勘違いしたスコットはひとり早朝ジョギングを始める。そんなある朝スコットはシャワールームの水道管から大量の水が噴出しているのを発見、駆けつけたシャロンとケンツが中に閉じ込められてしまう。水位は上昇を続け彼らは絶体絶命の状況に。だがロディやバーツの活躍によって溜まった水は格納庫内に作られた水溜め場に移され、彼らは無事救出された。子供達は溜まった水を即席プールに改造し、つかの間の水遊びを楽しむのだった。

■ある日の夜、ペンチは廊下で謎の人影と不気味な声に遭遇。彼女を守ると約束したフレッドだったが恐怖のあまり部屋の中に逃げ込んでしまう。人影の正体はメリーだったことが判明するが声の正体は依然不明。見かねたロディとバーツはフレッドを連れ、天井裏エリアの調査に出掛ける。途中彼らとはぐれたフレッドは勇気を出して単身ダクトの中に潜り込み、ファンに巻き付いて音を出していた布を発見する。彼の活躍でお化け騒動は無事解決し、ペンチは再び彼を見直したのだった。

■度重なるボギーのミスに不信感を募らせる子供達。独自に原因追求に取りかかるカチュア。一方しびれを切らしたスコットはボギーをブリッジから切り離してしまうが、そんなジェイナスの前に浮遊機雷群が出現。ロディ達は機雷群から脱出するために無人ロケットを囮に使い、その間に機雷のセンサー本体を破壊しようと試みる。作戦は無事成功し、機雷は動きを停止。ボギーの不調はスコットのデータ入力ミスだったことも判明し、ボギーはようやく正常に戻った。

■なんとククトには２つの衛星が存在していた。まず地球型の星に向かうことにした子供達は、手前の宇宙ステーションで謎の老人に出会う。地球軍人を装うものの変装がバレた老人＝ポールを問い詰める子供達だが、妻のリブレの登場によって彼らは監禁され、ポールはジェイナス奪取に向かう。子供達に取り押さえられたポールは息子のために地上に降下しようとしていたことを告げる。結局シャトルで同行することになったものの、彼らを信用するかどうかでスコットの悩みは募る…。

■旧タウト星に降下するためにシャトルを修理し、大気圏突入の準備を進める子供達。２機のＲＶをシャトルの翼の左右に乗せる形で彼らは大気圏に突入することになる。無人のジェイナスを旧タウトの周回軌道に残し、シャトルは大気圏に突入。無事成層圏は突破したシャトルは予定の着陸地点を探すが、チェンバーが書いた地図の場所には目的の滑走路は存在しない。なんとか強行着陸に成功したものの、同行していたチェンバー夫妻はトラックを奪って姿をくらませてしまった。

■ポールの書いた地図を頼りに、トラックで収容所を目指す子供達。立ち塞がる雪山を越え、彼らは地図に書かれた基地をようやく発見。一向に動く気配を見せない基地に業を煮やしたロディとバーツはＲＶで基地内に突入するがそこはもぬけの空。実は収容所が存在していなかったことを知りショックを受ける子供達。シャトルに戻った子供達は、残されたディグレの書き置きでショッキングなことを知る。この星には両親はおらず、もうひとつのタウト星が彼らの目的の場所であると…。

■取り残された子供達は乗ってきたシャトルを独自に修理し、旧タウト星を脱出しようと試みる。滑走路代わりとなる草原にシャトルを移動させた後、地上に残していくことになったバイファムとネオファムに別れを告げるロディとバーツ。荷物の積み込みが完了し、いよいよ出発する子供達だったが、シャトルはフラップが動作せず、離陸に失敗して大破してしまった。

■宇宙へ戻る術を失った子供達は、チェンバー夫妻を見つけだして脱出の方法を探そうとする。ようやく見つけたポールは、地球人である自分とククトニアンの妻ディグレとの間に生まれた一人息子のアランが脱出の際に犠牲となり、彼の墓を作るために片道切符でこの地までやって来たことを話す。脱出の方法がないことを知って泣き出す子供達に亡き息子の面影を見たディグレは、自分だけでも協力すると申し出る。ポールも仕方なく、子供達の脱出を手伝うことになった。

■子供達がジェイナスに戻るのを手助けすると約束したポールはククト軍の輸送機を奪う計画を立てる。故障で不時着したことを装ってポールがククト軍に救助を要請し、落とし穴でククト兵を捕まえた上で乗ってきた輸送機だけを無傷で強奪するのである。ククト軍の将校に変装したポールとディグレの活躍により、彼らは見事輸送機を奪うことに成功。しかし子供達が大喜びしたのもつかの間、せっかく手に入れた輸送艇は試運転中に墜落、大破してしまった。

■ポールは最後の手段として、資材運搬用の発射台でカーゴを打ち上げることを考え付く。シャトルをカーゴの代用とし、台座に載せて打ち上げる準備を進める子供達。そんな時出現したククト軍とＡＲＶによりマキ達が人質に取られるが、テスト射出された台座が偶然近くに落下したことで彼らはなんとか難を逃れた。そしてジミーはメリーをククト山羊の群れへ返すことを決意。ケンツの励ましでジミーは笑顔を取り戻し、彼らの出発はようやく間近に迫ってきた。

■主翼を切り落としたシャトルを台車にセットし、カチュアとフレッドを中心にシャトル打ち上げのプログラムを組む子供達。しかしカウントダウン直前になって再びククト軍が出現。慣れない地上戦に窮地に陥るロディとバーツだが、スコット達の助けもあってロディ達はなんとかククト軍から発射台を守り抜くことに成功する。この星に残る事を決心したチェンバー夫妻に見送られてシャトルは無事発進。そして彼らはジェイナスに到着、両親の待つタウト星に向かって旅立っていった。